Tak ako MS Windows Server 2016 aj System Center 2016 je dostupný od októbra 2016. V platnosti zostáva, že licencie vyžaduju len zariadenia, ktoré sú System Centrom spravované. Zariadenia so serverovým operačným systémom vyžadujú SC Server Management Licenses, ostatné spravované zariadenia vyžadujú Client Management Licenses.

V licencovaní spravovaných serveroch dochádza k zmene –  licencovanie na fyzický procesor sa mení na licencovanie na fyzické jadrá, podobne ako pri Windows servery.

SC 2016 je dostupný  v dvoch edíciach – Standard a Datacenter, líšiacich sa len vo virtualizačných právach. Zatiaľ čo edícia Datacenter umožňuje pri zalicencovaní všetkých fyzických procesorov spravovať neobmädzený počet virtuálnych prostredí, edícia Standard len dve.

Správa ľubovolného prostredia operačného systému –  či už fyzického alebo virtuálneho, vyžaduje zalicencovanie všetkých fyzických jadier servera. Je potrebné zalicencovať minimálne 8 jadier v každom fyzickom procesory a mimnimálne 16 jadier v každom servery.

Cena licencií SC 2016 pre 16 jadier je rovnaká ako cena 2-procesorovej licencie SC 2012 R2. Jedna licencia SC Server Management License pokrýva 2 jadrá, teda splnenie minimálnej požiadavky zalicencovať 16 jadier v servery predstavuje zakúpenie 8 takýchto licencií.

Zalicencovanie viac ako dvoch virtuálnych prostredí prostredníctvom edície Standard je možné priradením ďalších  licencií, pričom správa každých dvoch ďalších virtuálnych prostredí vyžaduje opätovné zalicencovanie všetkých fyzických jadier.